Microbios buenos y malos en nuestra comida

Los microbios son parte de la comida que comemos y pueden influir en nuestra propia microbiota (el conjunto de microorganismos que viven en nuestro cuerpo). Sin embargo, pese a su importancia, es muy poco lo que se sabe de los microbios de nuestra comida. Ahora, un equipo internacional de investigadores ha confeccionado una base de datos del microbioma de la comida mediante el análisis de los metagenomas (término que designa todo el material genético del conjunto de microorganismos de un ambiente) de cientos de alimentos.

El equipo lo integran, entre otros, Niccolò Carlino, de la Universidad de Trento en Italia, Paul Cotter, de la Agencia estatal irlandesa Teagasc de agricultura y alimentación, y Abelardo Margolles, del Instituto de Productos Lácteos de Asturias (IPLA) dependiente del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) en España. También ha participado personal investigador de la Universidad de Nápoles Federico II (Italia), la Universidad de León (España), MATIS (Islandia) y FFoQSI (Austria), entre otras entidades.

El equipo ha identificado 10.899 microbios asociados a la comida, la mitad de los cuales eran especies desconocidas, y han mostrado que los microbios asociados a la comida explican el 3% del microbioma intestinal de los adultos y el 56% del microbioma intestinal infantil.

Este nuevo recurso permite identificar y controlar los microorganismos indeseables, estudiar el movimiento de los microbios a lo largo de la cadena alimentaria y la propagación de genes de resistencia a antibióticos, además de mejorar los atributos saludables de los alimentos, entre otras aplicaciones.

Esta base de datos, denominada CFMD (Curated Food Metagenomic Database), es fruto del mayor estudio sobre microbiomas de alimentos realizado hasta la fecha, y es de acceso libre para facilitar su aplicación a gran escala por parte del mundo académico y la industria.

“Este recurso marcará un hito en la investigación en microbiología de alimentos”, señala Abelardo Margolles. En el consorcio MASTER han participado también investigadores de otros tres centros del CSIC: la Estación Experimental de El Zaidín (EEZ), el Instituto de Investigación en Ciencias de la Alimentación (CIAL, centro mixto del CSIC y de la Universidad Autónoma de Madrid (UAM)) y el Instituto de Agroquímica y Tecnología de Alimentos (IATA).

“Este recurso ayudará a los investigadores a afrontar retos que hasta ahora eran muy difíciles de abordar debido a la escasez de metagenomas de alimentos disponibles en las bases de datos.”

“Los microbios alimentarios pueden tener tanto un impacto positivo en la producción de alimentos -por ejemplo, a través de su fermentación-, como negativo -en su deterioro o en su implicación en la transmisión de enfermedades”, explica Margolles.

“Tradicionalmente, los microorganismos alimentarios se han estudiado cultivándolos en caldos o placas de Petri, pero este proceso es lento y no todos los microbios son cultivables”, añade.

Ahora, la base de datos CFMD posibilita que los datos de metagenomas de alimentos, basados en la secuenciación del ADN, puedan analizarse con rapidez y precisión.

La base de datos CFMD es fruto del trabajo del consorcio internacional MASTER, que ha analizado más de 2.500 metagenomas asociados a alimentos procedentes de 50 países, incluidos 1.950 metagenomas secuenciados por primera vez. Contiene datos sobre 3.600 especies microbianas, incluyendo más de 200 nuevas especies.

“Aproximadamente dos tercios de las muestras fueron de productos lácteos y las instalaciones en las que se elaboran; y se han analizado también bebidas y carnes fermentadas, entre otros alimentos”, indica Margolles.

Bastantes de las muestras de comida analizadas provinieron de instalaciones de elaboración de quesos. (Foto: Teagasc. CC BY-SA)

Identidad microbiana de quesos artesanales

El trabajo del CSIC se ha centrado en el análisis de quesos artesanales asturianos. “Se han analizado ambientes de 28 queserías pertenecientes a la Asociación de Queseros Artesanos del Principado de Asturias, y se ha comprobado que los quesos de cada instalación tienen características únicas”, revela Margolles.

“Esto es importante porque se podría asociar la especificidad y la calidad de los alimentos locales a su microbioma, e incluso posibilita utilizar el metagenoma como un marcador de autenticidad del alimento, representado una poderosa herramienta para garantizar su trazabilidad y origen”, concluye.

La nueva base de datos ha sido presentada públicamente en la revista académica Cell, bajo el título “Unexplored microbial diversity from 2,500 food metagenomes and links with the human microbiome”. (Fuente: CSIC)